15 世紀中，明朝皇帝將漢麗寶公主許配給當時的馬六甲蘇丹滿素沙，以建立兩國的友好關係。漢麗寶公主帶了大批隨從，包括 500 名婢女，前來馬六甲。馬六甲蘇丹特地將三寶山獻給漢麗寶公主，作為她的住所。

三寶廟旁有一口漢麗寶井，是公主的隨從為她挖掘的，除了提供她個人使用以外，也是市內的主要水源。這口井是敵對勢力的主要攻佔目標，他們或是占為己用或者對之下毒。據說這口井永不枯竭，即使是嚴重乾旱亦不例外。如今，這口井已轉為“許願井”，據說若有人在此投下一個錢幣，他一定會重遊馬六甲。

三寶山有兩座山丘和它連接在一起，這兩座山丘是華人墓園，總面積約有 25 公頃。此處擁有超過一萬兩千座墳墓，有些可追溯至明朝時代。