在荷蘭城處有一個階梯，攀登上去就是聖保羅山，聖保羅教堂就座落在此。 1521 年時，一位葡萄牙將軍 DUARTE COELHO 在此興建一座小教堂，他希望它會是這座城市中最先進的天主教堂。

當荷蘭人接管馬六甲後，它被改稱為聖保羅教堂。1753 年 CHRIST 教堂建造完畢，聖保羅教堂就被棄而不用。後來，荷蘭人將它改為埋葬有名望的人之墓園。聖保羅教堂裏有一座聖法朗西斯的墳墓，他生前經常到訪這間小教堂。

1553 年時，他被埋葬於此，後來，他的遺體才被移往印度的 GOA 。這裏豎立了一座聖法朗西斯的大理石雕像，為紀念他 400 多年前曾經到此居留，並作出他的貢獻。站在山丘的教堂上，可以俯瞰整座城市。在此還可以觀賞到許多很有特色的荷蘭墓碑。